感染が疑われる患者の血漿中の微生物由来の細胞フリーDNAのメタゲノム解析：臨床現場における性能と治療への影響。

目的：血液培養（BC）の感度は限定的で、特に抗菌薬療法が既に施行されている場合や、培養不能な病原体が疾患を引き起こしている場合にその限界が顕著です。血漿中の細胞フリーDNA（cfDNA）を用いたメタゲノム次世代シーケンスは、BC診断の欠点を補う可能性を有しています。方法:3ヶ月間にわたり、感染症が疑われる患者を対象とした後ろ向き研究を実施しました。血漿中の細胞フリーDNAをメタゲノム次世代シーケンス（Illumina NextSeq、1サンプルあたり2500万リード、リード長75塩基対）で解析し、シーケンスデータはCE-IVDD認証を取得したソフトウェアアルゴリズムとキュレーション済みデータベースを用いたDISQVER®で解析しました。データは、同時に採取されたBC結果および他の微生物学的な結果（±7日）と比較しました。

結果：DISQVER®解析は、147患者（成人124例、小児23例）の190検体で実施されました。結果までの平均時間は輸送時間を含む2日（四分位範囲、2-3；範囲、2-8）でした。DISQVER®は、80の血漿サンプル（陽性率42.1%）から158の病原体（細菌103、ウイルス49、真菌4、寄生虫1）を検出しました。陽性サンプルあたりの病原体の中央値は1（四分位範囲、1-2；範囲、1-10）でした。最も一般的な細菌は、エンテロバクター目（30.1%；31/103）、嫌気性細菌（18.4%；19/103）、およびエンテロコッカス属（15.5%；16/103）でした。（15.5%；16/103）でした。最も頻度の高いウイルスはエプスタイン・バーウイルス（28.6%；14/49）、ヒトヘルペスウイルス6B（18.4%；9/49）、およびヒトサイトメガロウイルス（18.4%；9/49）でした。マイコバクテリウム・アビウム、レジオネラ・ニューモフィラ、トロフェリマ・ウィップレイ、リゾムコッカス・プシラス、およびレishmania infantumは、それぞれ1検体から検出されました。同時BC陽性は、検体の10.2%（18/176）で陽性でしたが、そのうち大部分（68.2%；120/176）は抗生物質療法下で採取されました。DISQVER®解析により、20患者（13.6%；20/147；9例は治療開始/強化、10例は治療中止/軽減、2例はカテーテル交換、3例はその他）で24件の治療変更が実施されました。

議論：DISQVER®は病原体の検出率を著しく向上させ、 otherwise 検出されなかった重篤な感染症の診断を可能にし、10%を超える患者の治療改善に寄与した可能性があります。