2020年にナイジェリアでポリオ以外の急性弛緩性麻痺を呈する小児の便から、これまで未同定のヒトコサウイルス遺伝子型10種類が検出された。

2008年にメタゲノミクスにより発見されて以来、ヒトコサウイルス（HCoSV）は、髄膜炎、急性弛緩性麻痺（AFP）、急性胃腸炎を患う人間の髄液（CSF）と便から検出されています。現在までに、研究グループにより34種類のHCoSV遺伝子型が報告されています。しかし、ナイジェリアにおけるHCoSVの遺伝的多様性は限定的です。本研究では、メタゲノミクス手法を用いてナイジェリアにおけるHCoSVの遺伝的多様性を解析しました。ナイジェリアの5州から収集された、非ポリオ性AFPと診断された15歳未満の子供からのアーカイブ化・匿名化された便検体を分析しました。55のプール（254検体から作成）から、NetoVIRプロトコルを用いてウイルス様粒子を精製しました。プールは核酸抽出とメタゲノムシーケンス解析に供されました。リードはトリミングとアセンブリされ、HCoSVと分類されたコンティグは系統解析、ペアワイズ同一性解析、再組み換え解析、必要に応じて免疫情報学解析とカプシド構造予測に供されました。15のプールから23のHCoSVゲノムが得られました。系統解析とペアワイズ同一性解析の結果、すべてが4種（それぞれ11、3、3、6のゲノムが属する）と17の遺伝子型に分類されました。10のゲノムは、以前に割り当てられた7つの遺伝子型（HCoSV-A3/A10、A15、A17、A19、A24、D3、およびE1）に属し、残りの13のゲノムは、コサウイルスゲノムのVP1領域（VP1*）のほぼ完全な配列に基づいて、4つのHCoSV種にまたがる10の新たな遺伝子型に分類されました。当研究の分析結果は、少なくとも7つの（）と8つの（）の遺伝子型が存在することを示唆しています（本研究で記述されたものを含む）。ナイジェリアから初めて近完全ゲノムが報告され、HCoSVの多様性に関する知識が拡大し、暫定的な遺伝子型の数が34から40を超えるまでに増加しました。当研究の発見は、HCoSVの遺伝的多様性が現在記録されているよりも広範である可能性を示唆し、監視の強化が必要であることを強調しています。