呼吸器合胞体ウイルスの遺伝的多様性とモノクローナル抗体結合部位への影響：2023-2024シーズンの全国横断研究

背景：呼吸器合胞体ウイルス（RSV）は、世界的に急性下気道感染症の主要な原因である。ワクチンやモノクローナル抗体などの予防手段が臨床応用され始めた今、将来的な影響を評価し、潜在的な耐性関連変異を検出するためには、ベースラインゲノムデータが極めて重要である。 呼吸器ウイルス感染症ワーキンググループ（GLIViRe）は、免疫予防的介入導入直前の2023-2024シーズンにイタリアで流行したRSVの遺伝子プロファイルを特徴づけるため、この多施設共同研究を実施した。 本研究では、パリビズマブ、ニルセビマブ、RSM01、TNM-001、クレスロビマブに対するmAb結合部位におけるFタンパク質の変異同定に焦点を当てた。

方法：2023-2024年シーズンにイタリア国内15の検査機関から収集された、インフルエンザ様疾患（ILI）または急性呼吸器感染症（ARI）患者由来のRSV陽性呼吸器検体350検体を配列解析対象に選定した。F遺伝子配列決定は、サンガー法または次世代シーケンシングを用いて、RSV-A 287検体およびRSV-B 63検体に対して実施した。 系統解析はIQ-TREEを用いて実施し、NextStrain経由でグローバルデータを統合した。主要変異はChimeraXおよびPDBモデルを用いてFタンパク質構造上にマッピングした。アミノ酸変異性はシャノンエントロピーで評価した。

結果：RSV-Aサンプルは主に新興のA.D、A.D.1、A.D.3系統に属し、RSV-Bサンプルは主にB・D系統にクラスター化した。抗原決定基∅部位、特にニルセビマブおよびRSM01インターフェースで主要置換が検出された。パリビズマブ/TNM-001部位IIでは変化は認められなかった。 注目すべき変異は全てFタンパク質表面に露出していた。結論：本研究はワクチン及びmAb導入前のイタリアにおけるRSVの重要なゲノムスナップショットを提供する。ウイルス進化の監視と将来の免疫戦略の長期有効性支援には、継続的なサーベイランスが不可欠である。