2016年から2021年にかけてベトナムで急性胃腸炎を発症した小児の間で流通したG9、G3、G8およびG1ロタウイルスA群株の遺伝的多様性。
アブストラクト
ロタウイルスA群(RVA)は、世界中で小児重症下痢の最も一般的な原因である。ロタウイルスワクチン接種プログラムの導入は、RVAによる入院と死亡の減少に寄与している。2016年から2021年にかけて、2017年から2020年にかけてロタビンM1ワクチン(ベトナム)の試験的導入が行われたナムディン(Nam Dinh)省とトゥアティエンフエ(Thua Thien Hue:TTフエ)省において、RVAの有病率と遺伝子型の分布を監視するためのサーベイランスを実施した。6626検体の便のうち、ELISAにより2164検体(32.6%)からRVAが検出された。型特異的プライマーを用いたRT-PCRにより、RVA陽性検体のGおよびP遺伝子型を決定した。2016年から2021年までに無作為に抽出された52検体のサブセットの全ゲノム配列が、次世代シーケンサーを用いてマッピングされた。2016年から2021年にかけて、G9株、G3株、G8株が優勢であり、検出頻度はそれぞれ39%、23%、19%であった;このうち、同定された最も一般的な遺伝子型はG9P[8]、G3P[8]、G8P[8]であった。G1株は2020年から2021年にかけてナムディンとTTフエで再出現した(それぞれ29.5%と11.9%)。G3有病率は2017年から2021年にかけて、TTフエでは74%から20%に、ナムディン省では21%から13%に減少した。G3株の内訳は、ヒト型G3(hG3)が52%、ウマ型G3(eG3)が47%であった。全ゲノム解析の結果、循環しているG3株は、ウマとネコのウイルスに関連する異なる背景を持ち、実質的な多様性が示された。G9有病率は、両州において2016年から2021年にかけて急激に減少した。G8株はナムディン省とTTフエ省で2019年から2020年にかけてピークに達した(それぞれ68%と46%)。ほとんどのG8株とG9株は、サーベイランス期間中、それぞれ99.2~99.9%、99.1~99.7%と非常に高い塩基類似性を示し、遺伝的差異はなかった。G1株はRVAワクチン由来ではなかった。サーベイランス期間を通じて、循環株間の遺伝子型分布の変化と実質的な多様性が検出され、2つの州間で異なっていた。観察された変化が、ワクチンによる圧力ではなく、自然な経年変化によるものであることを確認するためには、循環株に対するワクチンの有効性を経時的に判定することが重要である。