アブストラクト

背景：潜伏期間（感染から発病まで）は、感染症を制圧するために必要な対策の選択の指針となる。SARS-CoV-2の潜伏期間の推定は、適切かつ代表的なデータが不足しているため、まばらである。感染時間が正確に判明することは稀であり、曝露情報はいくつかのバイアスの影響を受ける可能性がある。終点に関する情報は、繰り返し検査する必要がある。さらに、始点と終点の両方が通常区間打ち切りであり、データが長さに偏ったサンプリング（切り捨て）の影響を受ける可能性があるため、推定は困難である。

方法：2021年5月から7月にかけてベトナムのホーチミン市で発生したSARS-CoV-2デルタ型の集団感染時に作成された公衆衛生報告書から、曝露に関する詳細な情報を収集した。特注のデジタルフォームとアプリケーションを使用することで、曝露窓口の信頼性の高い選択が容易になった。大規模なワクチン接種や早期感染がない状況で収集された、1951人からの曝露と検査結果に関するこの包括的なデータセットは、中国以外では初めてのものである。我々は、オブザベーションの二重区間打ち切りの性質を説明し、暦時間にわたって一定の感染リスク（指数関数的成長）という標準的な仮定を超えて、潜伏期間（一般化ガンマ分布）に関する柔軟性を許容した。データ収集の打ち切りや検疫期間の有限性による右の切り捨てに対処した。JAGSプログラムを用いたベイズアプローチにより、解析は比較的容易になった。

結果：指数関数的成長を仮定した場合、SARS-CoV-2 Delta variantの平均潜伏期間は3.22日（95％信頼区間2.89 - 3.55）、中央値は1.81日（95％信頼区間1.44 - 2.16）、95パーセンタイルは10.98日（95％信頼区間9.91 - 12.41）であった。一様な感染リスクを仮定した場合、これらの値ははるかに大きくなった。

結論：JAGSプログラムを用いたベイズアプローチにより、未感染者とワクチン非接種者におけるデルタ変異型のSARS-CoV-2潜伏期間分布を推定することができた。推定値は、曝露期間内の感染リスクに関する仮定の影響を受けやすかった。先行研究と比較して、潜伏期間の中央値は短く、95パーセンタイルは大きかった。われわれの結果は、エビデンスに基づく感染症対策のためには、綿密なデータ収集と解析が重要であることを強調している。