小児の急性呼吸器感染症における呼吸器病原体の標的次世代シーケンサーによる特性解析。

背景：急性呼吸器感染症（ARI）は世界的に大きな健康負担となっており、特に乳幼児が罹患し死亡率が高い。標的次世代シーケンサー（targeted next-generation sequencing: tNGS）は、広範な呼吸器感染症を同定できる迅速で費用対効果の高い診断ツールとして登場した。

方法：患者から口腔咽頭ぬぐい液と喀痰を採取し、それぞれtNGSと喀痰培養を行い、ARIを診断した。tNGSの臨床診断と治療への応用を検討するため、臨床データについて後方視的分析を行った。

結果：本研究では、ARIが確認された小児患者336例を対象とし、tNGSにより25種（細菌15種、ウイルス10種）、13ウイルス亜型からなる38の潜在的病原体が検出された。tNGSによる全微生物検出率は100％であった。検出された主な細菌性病原体は、肺炎球菌（36.0％）、ステノトロフォモナス・マルトフィリア（30.4％）、中間連鎖球菌（29.5％）、モラクセラ・カタラリス（27.1％）、インフルエンザ菌（20.2％）であった。ウイルス性病原体としては、ヒトアデノウイルス（31.3％）、ヒトライノウイルス（26.5％）、ヒトパラインフルエンザウイルス（25.0％）、サイトメガロウイルス（19.0％）、ヒトボカウイルス（11.0％）が主であった。喀痰培養とグラム染色を同時に行った94例のうち、tNGSは喀痰培養と比較して優れた検出率を示した（100％対53.2％）。tNGSと喀痰培養の両方が一致した50例のうち、80％（40/50例）が完全または部分的に一致した。さらに、tNGSでは、年齢層によって病原体の分布に異質性が認められた。

結論：従来の診断法ではARIの診断要求に応えられないことが多い。本研究は、口腔咽頭ぬぐい液中のtNGSが病原体の検出を強化し、それによってARIの診断、治療、予防を改善する可能性を強調するものである。

重要性：本研究は、ARIの診断と治療に口腔咽頭ぬぐい液を用いた最初の研究である。ある地方病院のARI患者のサーベイランスデータを分析することにより、我々は細菌性およびウイルス性病原体のスペクトルを同定し、患者間の人口統計学的差異を調査した。これらの知見は、ARIのサーベイランス、診断、病原体の検出、予防におけるtNGSの可能性を強調するものである。