ウラル連邦管区および西シベリアにおける無菌性髄膜炎患者の検体から検出された非ポリオエンテロウイルスの遺伝的多様性

ヒト非ポリオエンテロウイルス（NPEV）は、無菌性髄膜炎を含む軽度から重度の神経疾患に至るまで、ヒトに多様な感染症を引き起こす。NPEVは世界的に小児・成人を問わず無菌性髄膜炎の主要な原因である。ロシアでは、特に2022年以降のポストCOVID時代においてNPEV感染報告が急増し、2023年にかけても高い感染率が持続している。 NPEV遺伝子の進化を理解し、潜在的な流行を予測するには、全ゲノムの包括的解析が不可欠である。本研究では、サンガー法および次世代シーケンシング（NGS）手法を用い、ウラル連邦管区および西シベリア地域で流行しているNPEV株の同定に焦点を当てた。無菌性髄膜炎と診断された患者（n = 225）から生物学的検体を収集した。 バイオインフォマティクス解析では、主要カプシドタンパク質（部分VP1）遺伝子断片のヌクレオチド配列とNPEV全ゲノムの組立てを対象とした。 収集検体の70.7%に相当する159株のNPEVが同定された。主要な遺伝子型プロファイルを形成する主なカプシド変異株には、E30（39株、24.3%）、E6（31株、19.3%）、CVA9（25株、15.6%）が含まれた。 NGSを用いて、E6、E30、EV-B80、CVA9、CVB5、E11、EV-A71の13の全ゲノムと、E6およびEV-B87の3つの部分ゲノムの組立てに成功した。 この分子遺伝学的解析は、ウラル連邦管区および西シベリアにおける無菌性髄膜炎に関連する優勢なNPEVの遺伝子型構成、循環パターン、および進化動態に関する現代的な知見を提供する。遺伝的変化と進化研究のための実験室ベースのモニタリングおよび疫学的サーベイランスは、予防と医療の改善にとって重要である。