2018年から2024年にかけての米国メリーランド州における呼吸器合胞体ウイルスの全ゲノム系統動態解析。

呼吸器合胞体ウイルス（RSV）は、乳幼児および高齢者における呼吸器感染症の主要な原因であり、その流行パターンはウイルスの進化と多様性によって形作られている。COVID-19パンデミック前後のRSVの分子疫学を調査するため、我々は2018年から2024年にかけてメリーランド州で流行したRSV-AおよびRSV-Bについて、ゲノムサーベイランスおよび系統動態解析を実施した。 RSV陽性検体（n = 451）の全ゲノムシーケンスを実施し、系統樹解析およびベイズ法を用いてゲノムを解析し、進化速度、集団動態、選択圧、および遺伝的多様性を推定した。ほとんどの季節においてRSV-Aが優勢であった一方、RSV-Bは2018年と2023年に断続的な急増を示した。 すべてのRSV-AゲノムはON1遺伝子型に属し、RSV-BはBA9に属していた。メリーランド州の異なる流行シーズンにおいて、A.D.1、A.D.5.2、A.D.1.6、およびB.D.E.1といった系統群が順次優勢となった。 ベイズ解析により、RSV-Aの進化速度は7.07×10⁻³置換/サイト/年、RSV-Bは1.02×10⁻³置換/サイト/年と推定され、パンデミックに関連する混乱に伴う有効集団サイズの時間的変動が認められた。RSV-Aは全体としてより高いエントロピーを示したが、RSV-Bの方がわずかに速い進化速度を示した。 遺伝的多様性はG糖タンパク質に集中しており、コドン273（RSV-A）およびコドン217（RSV-B）に正の選択を受けた部位が認められた。これらの知見は、COVID-19流行期を通じて、RSV-AおよびRSV-Bの優占性の時間的変動、系統群の置換、および継続的なウイルスの適応を示しており、ゲノム解析と系統動態学の統合的研究の重要性を強調している。